>Methanospirillum   hungatei 1
-----U-C--A-AUA----G--CGGCCACAG-CAGGU--G-UG-UC-ACACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUUAAGACACCUCACGUG--GAUGA---C-G-GUACU-G------AGG-UA----CGCGAGUC---CU----CGGGA----AAUCAUC----CUCGCUG---CU-A---UUGU-U-------
>Haloarcula   
-------U--U-A-G----G--CGGCCACAG-CGGUG--G-GG-UUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCACCAGCGUU--CCGGG---G-A-GUACU-G------GAG-UG----CGCGAGCC---UC----UGGGA----AACGCGG----UUCGCCG---CC-A---C----C-------
>Halobacterium   
-------U--U-AAG----G--CGGCCAUAG-CGGUG--G-GG-UU-ACUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CCGGU---C-A-GUACU-G------GAG-U------GCGAGCC---UC----UGGGA----AAUCCGG----UUCGCCG---CCUA---C----U-------
>Haloferax   
-------U--U-AAG----G--CGGCCAGAG-CGGUG--A-GG-UU-CCACCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCACCUGCGUU--CUGGU---C-A-GUACU-G------GAG-UG----AGCGAUCC---UC----UGGGA----AAUCCAG----UUCGCCG---CC-C---C----U-------
>Halorubrum   distributum 1
-------G--U-A-G----G--CGGCCAAAG-CGGCA--G-GG-AA-AGACCCGUACCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAGCCUGCCAGCGUA--CCAGC---U-A-GUACU-G------GAG-UG----GGAGACCC---UC----UGGGA----GCGCUGG----UUCGCCG---CC-U---ACUC---------
>Natrinema   sp. 1
-------U--U-ACG----G--CGGCCACAG-CGGCG--A-GG-UA-CCUCCCGUACCCAUCCCGAACAC-GGAAGAUAAGCUCGCCUGCGUU--UCGGU---C-A-GUACU-G------GAG-UG----GGCGACCC---UC----UGGGA----ACCCCGA----UUCGCCG---CC-A---C----C-ACUC--
>Methanolobus   tindarius 1
-----G-G--U---G----G--CGGCCAUAG-CGGCG--G-GG-CA-AUUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGAAGAUAAGCCCGCCUGCGUU--CUAUA---C-U-GUACU-A------AAG-UA----UGAGAGUC---UU----UGGGA----AAUAUGG----AACGCUG---CC-A---CCAA-C-------
>Methanosarcina   
-----G-GAGU-UUG----G--C-GCCAUAG-CGGCA--G-UG-UA-ACUCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUA---C-U-GUACU-G------AAG-UG----UGCGAGCC---UU----CGGGA----ACUCUGG----AUCGCUG---CC-AUACUCAC-C-------
>Methanosarcina.v   
-----G-A--U-CUG----G--CAGCCAUAG-CGGCA--GGUG-UA-A-UCCUGUACCCAUCCCGAACAC-AGUAGAUAAGCCUGCCCGCGUU--CCUUGC--C-U-GUACU-G------AAG-UG----UGCGAGC----UU----CGGGA----ACUCUGG----AUCG-UG---CC-AUA-UCAG-U-------
>Nanoarchaeum   equitans 1
-----G-U--U-UCGUGGGA--GGGCCAUAG-CGGCCC-G-GG-AA-CCACCCGUACCCAUCUCGAACAC-GGAAGUUAAGCCGGGCCGCGUC--CCGAG---U-G-GUACU-G--------C-CC----CGCGAAGG---GG----UGGGA----AGCUCGG----GAUGC---------------C-C-------
>Thermoplasma   
-----G-G--C-A------A--CGGUCAUAG-CAGCA--G-GG-AA-ACACCAGAUCCCAUUCCGAACUC-GACGGUUAAGCCU-GCUGCGUA--UUGCG---U-U-GUACU-G------UAU-GC----CGCGAGGG---UA----CGGGA----AGCGCAA----UAUGCUG---UU-A---CCAC-U-------
>Methanococcus   
----UG-A--C-AUA----A--CGGUCAAAG-CGGAG--G-UG-UA-ACAUCCGAUCCCAUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--UCUUU---A-A-GUACU-G------CUA-UC----U----------AG----UGGGA----ACAAAGU----GACGCCG---UU-A---GUCA-C-------
>Methanothermococcus   
----UG-A--U-AUA----A--CGGUCAUAG-CGGAG--G-AG-CC-ACAUCCGAUCCCGUCCCGAUCUC-GGAAAUUAAGCCCUCCAGCGAU--ACCCU---A-A-GUACU-G------CCA-UU----U----------GG----UGGGA----ACAGGGU----GACGCUG---UU-G---AUCA-C-------
>Methanothermobacter   
-----G-U--U---G----G--CGGUCAUGG-CGUGG--G-GU-UU-AUACCUGAUCUCGUUUCGAUCUC-AGUAGUUAAGUCCUGCUGCGUU--GUGGG---U-GUGUACU-G------CGGUUUUUUGC----------UG----UGGGA----AGCCCAC----UUCACUG---CC-A---GACA-A-------
>Methanothermus   
-----G-G--U-ACG----G--CGACCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCUGAACCCGUUCCGAUCUC-AGAAGUUAAGCCCCCCUGCGUU--GGAGG---U-G-GUACU-G------CAA-CGUUAGU----------UG----CGGGA----AGCCUCC----AACGUCG---CC-G---GCCC-A-------
>Pyrococcus   
-----G-G--U-ACG----G--CGGUCAUAG-CGGGG--G-GG-CC-ACACCCGGUCUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCCCAGCGAU--CCCGG---C-U-GUACU-G------CCC-UC----CGAGAGGG---GG----CGGGA----A-CCGGG----GACGCCG---CC-G---GCCA---------
>Thermococcus   
-----G-G--U-ACG----G--CGGUCAUAG-CGGCG--G-GG-UC-ACACCCGGUCUCGUUUCGACCCC-GGAAGUUAAGCCCGCCAGCGAU--CCCGG---U-U-GUACU-G------CCC-UC----CGGGAGGG---GG----CGGGA----A-CCGGG----GACGCCG---CC-G---GCCA-C-------
>Streptomyces   ambofaciens 1
-----G-U--U-UCG----G--UGGUCAUAG-CGUUA--G-GG-AA-ACGCCCGGUUACAUUCCGAACCC-GGAAGCUAAGCCUUACAGCGCC--------GAU-G-GUACU-GCAGGGGGGA-CC----C----------UG----UGGGAGAGUA---------GGACGCCG---CC-G---AACA---------
>Agrobacterium   tumefaciens 6
-----CGA--C-CUG----G--UGGUCAUCG-CGGGG--C-GG-CU-GCACCCGUUCCCUUUCCGAACAC-GGCCGUGAAACGCCCCAGCGCC--------AAU-G-GUACU-UCGU--CUCA-AG----A----------CG----CGGGAGAGUA---------GGUCGCUG---CC-A---GGUC-U-------
>Escherichia   
-----U-G--C-CUG----G--CGGCCGUAG-CGCGG--U-GG-UC-CCACCUGACCCCAUGCCGAACUC-AGAAGUGAAACGCCGUAGCGCC--------GAU-G-GUAGU-GUGG-GGUCU-CC----C----------CA----UGCGAGAGUA---------GGGAACUG---CC-A---GGCA-U-------
>Thermus   
AA---U-C--C-CCC----G--UGCCCAUAG-CGGCG--U-GG-AA-CCACCCGUUCCCAUUCCGAACAC-GGAAGUGAAACGCGCCAGCGCC--------GAU-G-GUACU-GGGCGGGCGA-CC----G----------CC----UGGGAGAGUA---------GGUCGGUG---CG-G---GGGA-U-------
>Aquifex   aeolicus 1
-----C-C--C-CUG----G--UGGCCAUAG-CGGGG--G-GG-AA-ACACCCGGUCCCAUUCCGAACCC-GGCAGUUAAGCCCCCCAGCGCC--------GAU-G-AUACU-GUGCCGGCAG-CG----G----------CA----CGGGAAAGUA---------GGUCGCUG---CC-A---GGGG---------
>Thermotoga   maritima 1
--AU-C-C--C-CGG----G--UGCCGAUAC-UGGGG-CG-GG-AA-ACACCCGGUUCCAUUCCGAACCC-GGCCGUUAAGCCGCCCUGGGCC--------GAU-G-GUAGU-AUGGGGGCAG-CC----C----------CA----UGCGAGAGUA---------GGUAGCGC---CC-G---GGGA-U-------
>Campylobacter   jejuni 3
-----A-U--G-UCC----G--UGAUUAUAC-AGAUG--U-GG-AA-ACGCCUUGCUCCAUCCCGAACCA-AGAAGCUAAGCACAUCGUGGGU--------GAU-G-AUACU-ACGCC--UUA-CU----G--------GCAG----GGGGAAAGUA---------GCUCAUUG---CG-G---AC-U-U-------
>Chlamydia   trachomatis 1
-----C-U-----UG----G--UGAUAAUAG-AGAGA--G-GG-AA-ACACCUGACACCAUUCCGAACUC-AGAAGUUAAGCCUCUGAUCGCU--------GAU-G-GUACU-AUACA--CAA-GA----G----------UA----UGGGAGAGUA---------GGUCGUCG---CC-A---AGCA-U-------
>Bacillus   anthracis 1
-----U-U-----UG----G--UGAUGAUGG-CAGAG--A-GG-UC-ACACCCGUUCCCAUACCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUCUAGCGCC--------GAU-G-GUAGUUG------GGA-CC----U----------UGUCCCUGUGAGAGUA---------GGACGUCG---CC-A---A--G-C-------
>Geobacillus   stearothermophilus 1
-----C-C-----UA----G--UGGUGAUAG-CGGAG--G-GG-AA-ACACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCCCUCCAGCGCC--------GAU-G-GUAGUUG------GGG-CC----A-------G--CGCCCCUGCAAGAGUA---------GGUCGCUG---CU-A---G--G-C-------
>Flavobacterium   hydatis 1
-----U-A-----AG----G--UGGUUAUUG-CGGCG--G-GG-CU-CGACCUCUUCCCAUCCCGAACAG-AGUAGUUAAGCCCGCCUGCGCA--------GAU-G-GUACU-G------CAG-UU----A----------UG----UGGGAGAGUA---------UGUCGUCG---CC-U---U--U-C-------
>Spirochaeta   aurantia 1
-----C-C-----UG----G--UGAUCAUAG-CGAAG--A-GG-UC-CCACCCGUUCCCAUCCCGAACAC-GGAAGUUAAGCUCUUCAGCGCC--------GAU-G-GUACU-G------CUA-------U----------UG----CGGGAGAGUA---------GGUCGUCG---CC-A---G--G-C------U
>Archeoglobus   
-----A-U--G-CCG----A--CGGUCAUAG-GACGG--G-GG-AA-ACACCCGGACUCAUUCCGAACCC-GGAAGUUAAGCCCCGUUCCGUC--CCGCA---C-A-GUACU-G------UGU-UC----CGAGAGGG---CA----CGGGA----ACUGCGG----GA-ACCG---UC-G---G-CU-U-------
>Pyrobaculum   aerophilum 1
-----G-C--CCCUA----ACCCGGCCAUAGGCGCCG--G-UG-AU-ACGCCCGGUCUCAUCA-GAACCC-GGAAGCUAAGGCCGGCGCCGCG--CUCGG---G-A-GUACU-G------GGC-UC----CGCGAGGG---CC----CGGGA----AACCGGC----GU-GCUGGGAGG-G---GGCU-U-------
>Desulfurococcus   mobilis 1
-----U-G--C-CCG----ACCCGGCCAUAG-UGGCC--G-GG-CA-ACACCCGGUCUCGUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGGCCA-CGUCAGAACGG---C-C-G---U-G------AGG-UC----CGAGAGGC---CU----CGC------AGCCGUU-CU-GA-GCUGGGAUC-G---GGCACC-------
>Sulfolobus   
-----G-C--C-C------ACCCGGUCACAG-UGAGC--G-GG-CA-ACACCCGGACUCAUUUCGAACCC-GGAAGUUAAGCCGCUCA-CGUUAGUGGGG---C-C-G---U-G------GAU-AC----CGUGAGGA---UC----CGC------AGCCCCA-CU-AA-GCUGGGAUG-G---GUUU-U-------
>Gelidium   amansii 1
-----A-C--A-UU--------CGGCCAUAC-UAAGU--C-GACAU-GUACCCGAUCCCAUCCCGAACUC-GGAAGUCAAGUCGCUUCAGGC---CGGGU---U-A-GUACU-G------AGG-UG----AGGGAUCA---CU----CGGGA----AUCCCCG----GU-GCCG---AA-U------G-U-------
>Cryptosporidium   parvum 1
-----G-C--A-AU--------CGGCCAUAC-UACAU--C-GA-AU-AUACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUCAAGCGGUGUAAGGU---UCGGU---U-A-GUACU-A------GGG-UG----GGGGACCA---CC----UGGGA----AGACCAGA---AU-GUCG---AU-C---G-CC-UC------
>Nosema   bombycis 1
-----G----A-UA--------CGGUUAUAU-UUACU--G-AA-AA-CCACCGGAACCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAACCAGUAUGAGC---UUAAU---U-A-GUACU-A------AGA-AG----GGAGACCA---CU----UGGGA----ACGUUGG----GU-G-------------G-UA---------
>Zea   mays 1
-----G-G--A-UG--------CGAUCAUAC-CAGCA--C-UA-AA-GCACCGGAUCCCAUCA-GAACUC-CGAAGUUAAGCGUGCUUGGGC---GAGAG---U-A-GUACU-A------GGA-UG----GGUGACCU---CC----UGGGA----AGUCCUC----GU-GUUG---CA-U---U-CC---------
>Euglena   
-----G-A--G-UA--------CGGCCAUAC-UACCG--G-GA-AU-ACACCUGAACCCGUUC-GAUUUC-AGAAGUUAAGCCGGGUUAGGC---CCAGU---U-A-GUACU-G-------AG-UG----GGCGACCA---CU----UGGGA----ACACUGG----GU-GCUG---UA-C---G-CU-U-------
>Caenorhabditis   elegans 1
-----G-C--U-UA--------CGACCAUAU-CACGU--U-GA-AU-GCACGCCAUCCCGUCC-GAUCUG-GCAAGUUAAGCAACGUUGAGU---CCAGU---U-A-GUACU-U------GGA-UC----GGAGACGG---CC----UGGGA----AUCCUGG----AU-GUUG---UA-A---G-CU---------
>Drosophila   melanogaster 1
-----G-C--C-AA--------CGACCAUAC-CACGC--U-GA-AU-ACAUCGGUUCUCGUCC-GAUCAC-CGAAAUUAAGCAGCGUCGGGC---GCGGU---U-A-GUACU-U------AGA-UG----GGGGACCG---CU----UGGGA----ACACCGC----GU-GUUG---UU-G---G-CC-U-------
>Xenopus   laevis 1
-----G-C--C-UA--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AA-GUGCCCGAUAUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCCAAGCAGGGUCGGGC---CUGGU---U-A-GUACU-U------GGA-UG----GGAGACCG---CC----UGGGA----AUACCAG----GU-GUCG---UA-G---G-CU-U-------
>Cryptobranchus   alleganiensis 1
-----G-C--C-UA--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AU-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAACUC-AGAAGCUAAGCAGGCUUGGGC---CUGGU---U-A-GUACU-U------GGA-UG----GGAGACUG---CC----UGGGA----AUACCAG----GU-GCUG---UA-G---G-CU-U-----U-
>Homo   
-----G-U--C-UA--------CGGCCAUAC-CACCC--U-GA-AC-GCGCCCGAUCUCGUCU-GAUCUC-GGAAGCUAAGCAGGGUCGGGC---CUGGU---U-A-GUACU-U------GGA-UG----GGAGACCG---CC----UGGGA----AUACCGG----GU-GCUG---UA-G---G-CU-U-----U-
>Dictyostelium   discoideum 1
-----G-U--A-UA--------CGGCCAUAC-UAGGU--U-GG-AA-ACACAUCAUCCCGUUC-GAUCUG-AUAAGUAAAUCGACCUCAGGC---CUUCC---A-A-GUACU-C------UGG-UU----GGAGACAA---CA----GGGGA----ACAUAGG----GU-GCUG---UA-U---A-C--U-------
>Physarum   polycephalum 1
-----G-G--A-UG--------CGGCCAUAC-UAAGG--A-GA-AA-GCACCUCAUCCCGUCC-GAUCUG-AGAAGUUAAGCUCCUUCAGGC---GUGGU---U-A-GUACU-G------GGG-UG----GGGGACCA---CC----UGGGA----AUCCCAC----GU-GCUG---CA-U---U-CU-U-------
>Amoebidium   parasiticum 1
-----G-G--U-UA--------CGGCCAUAC-CUAGC--A-GA-AA-GCACCCCAUCUCGUCC-GAUCUG-GGAAGUUAAACUGCUAUGGGC---GUGGU---U-A-GUACU-G------CGG-UG----GGGGACCA---CG----CGGGA----AUACCAC----GU-GCUG---UA-A---U-C--U-------
>Candida   albicans 1
-----G-G--U-UG--------CGGCCAUAU-CUAGC--A-GA-AA-GCACCGUUCCCCGUUC-GAUCAACCGUAGUUAAGCUGCUAAGAGC---AAUAC---CGA-GUAGU-G------UAG-UG----GGAGACCA---UA----CGCGA----AACUAUU----GU-GCUG---CA-A---U-C--U-------
>Saccharomyces   
-----G-G--U-UG--------CGGCCAUAU-CUACC--A-GA-AA-GCACCGUUCUCCGUCC-GAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGC---CUGAC---CGA-GUAGU-G------UAG-UG----GGUGACCA---UA----CGCGA----AACUCAG----GU-GCUG---CA-A---U-C--U-------

